محراب کلیسا در منتها الیه بخش شرقی و بلندتر از سایر قسمتها قرار گرفته و به صورت پنج ضلعی با طول هر ضلع ۵/۱متر ساخته شده است. در این کلیسا نیز، همچون بیشتر کلیساهای ایران، در دو جناح محراب دو اتاق کوچک تعبیه شده با این تفاوت که در این کلیسا اصل تقارن رعایت نشده و دو اتاق جانبی دارای فضاهای داخلی متفاوتی هستند بدین معنا که اتاق جانبی شمالی دارای ورودی بلندتر و طویلتر از اتاق جانبی جنوبی است. این اتاق طرحی مربع شکل دارد و در ضلع شمالی آن، طاقچهای با طاق جناغی درون دیوار تعبیه شده. اتاق جانبی جنوبی نیز دارای طرحی مستطیل شکل است و در انتهای آن، حفرهای کوچک درون دیوار ایجاد کردهاند که از آن به منزلۀ محلی برای نگهداری اشیاء خاص استفاده میشده است.

کلیسای سورپ نیشان از لحاظ به کارگیری تزیینات معماری فقیر است. این کلیسا از پیهای سنگی و دیوارهای خشتی ساخته شده. نمای خارجی دیوار جنوبی خشتی است و لایۀ نازکی از کاهگل برروی آن کشیده شده. بخشهایی از این دیوار به همراه ورودی اصلیای که در آن تعبیه کردهاند ویران شده است. نمای خارجی دیوار شرقی سنگی است. این دیوار تنها دیواری است که تا سقف با سنگهای لاشهای بنا شده و روی آن لایۀ نازکی از کاهگل کشیدهاند. در این ضلع، سه نورگیر برای تأمین نور داخلی تعبیه شده است.

وجود کلیسای ارمنی نیشان و کلیسای آشوری مار خنه در روستای جمال آباد نشان میدهد این روستا یکی از مناطق عمدۀ مسیحی نشین حومۀ ارومیه بوده است. از آنجا که کلیسای سورپ نیشان یکی از قدیمیترین بناهای منطقه است نیاز به توجه بیشتر مسئولان میراث فرهنگی و مرمت قسمتهای ویران شده دارد و در صورت بی توجهی تا چند سال دیگر به کلی ویران خواهد شد.