به دنبال انتشار خبر بازداشت امام در سحرگاه ۱۵خرداد ۱۳۴۲ به مناسبت سخنرانی تاریخی امام که علیه اسرائیل و رژیم شاه بوده از نخستین ساعات روز ۱۵خرداد، اعتراضات گسترده‌ای در قم، تهران، ورامین، مشهد و شیراز برگزار شد که با شعارهایی بر ضد شاه و در طرفداری از امام همراه بود.مأموران نظامی که در نقاط مرکزی و حساس شهرهای قم و تهران مستقر بودند به روی تظاهر کنندگان آتش گشودند. مردم نیز با چوب‌ و سنگ به دفاع ازخود برخاستند. تظاهرات در آن روز و دو روز بعد نیز ادامه یافت و هزاران نفر از مردم کشته و مجروح شدند. فجیع‌ترین حادثه، قتل عام دهقانان کفن‌پوش ورامینی بود که در پشتیبانی از امام راهی تهران شده بودند. مأموران نظامی در سر پل باقرآباد با آنها روبرو شده و با سلاحهای سنگین آنها را قتل عام کردند.
پس از فرو نشستن قیام، اسدا‌… اعلم نخست‌وزیر، در مصاحبه‌ای با روزنامه هرالد تریبون در روز ۱۷ خرداد ۴۲ تهدید کرد که امام و برخی دیگر از علما، محاکمه نظامی خواهند شد و ممکن است حکم اعدام آنها صادر شود. شاه نیز دو روز بعد طی سخنرانی بیانات امام و تظاهرات مردم را به تحریک و پول بیگانگان- جمال‌عبدالناصر- دانست زیرا جمال‌عبدالناصر در آن زمان به دلیل همکاری شاه و اسرائیل روابط خصمانه‌ای با شاه داشت. در این راستا رسانه‌های رژیم ادعا کردند که شخصی به نام عبدالقیس از بیروت با هواپیما وارد فرودگاه مهرآباد شده و در گمرک مهرآباد حدود یک میلیون تومان پول از او به دست آمده و اعتراف کرده است که ناصر این پولها را برای افراد معینی در ایران فرستاده است. این ادعا مورد انتقاد بسیاری در داخل و خارج از جمله خیلی از نشریات خارجی واقع شد و رژیم هیچ دلیل و سندی در این خصوص ارائه نکرد. چند روز پس از دستگیری امام دهها نفر از مراجع و علمای ایران به عنوان اعتراض به دستگیری امام و اعلام پشتیبانی از وی، به تهران مهاجرت کردند. بر اثر اعتراض علما و فشار افکار عمومی سرانجام امام پس از دو ماه بازداشت در پادگان نظامی به منزلی در شمال شهرتهران منتقل گشت و تحت نظر قرار گرفت. از نخستین ساعات روز بعد مغازه داران تهران و شهرستانها به مناسبت آزادی نسبی امام بر سر در مغازه‌های خود پرچم نصب کرده و چراغانی نمودند و به مردم شیرینی و شکلات دادند.
یک روز پس از انتقال امام (۱۲ مرداد) روزنامه‌های کثیر‌الانتشار کشور چیزی رابه دستور ساواک منتشر کردند. تا در نظر مردم چنین وانمود کنند که انتقال امام از زندان به محل جدید به دلیل تفاهمی بوده که میان ایشان و مقامات انتظامی بوجود آمده است. این خبر که شایعه‌ای بیش نبود و امام بعداً پس از آزادی کامل و بازگشت به قم در اولین فرصت طی یک سخنرانی آنرا به شدت تکذیب کرد.
شاه که تصور می‌کرد با سرکوب قیام ۱۵ خرداد، دستگیری امام، کوتاه آمدن برخی از علما و از همه مهمتر شایعه تفاهم امام را منزوی ساخته است بتدریج در جهت عادی نشان دادن اوضاع حرکت کرد. از اینرو اسدا… علم را در ۱۷ اسفند ۴۲ برکنار ساخت و وانمود کرد او مسبب حوادث اخیر بوده و عزل وی به دنبال تفاهم با امام تحقق یافته است.
بعد از اعلم، حسنعی منصور به نخست‌وزیری رسید. او طی نطقی با تمجید از اسلام، از آن به عنوان «یکی از مترقی‌ترین و برجسته‌ترین ادیان جهان» یاد کرد و بر «مراحم و عطوفت خاص شاه: مقامات روحانی تأکید نمود. دو روز پس از سخنان منصور امام بدون اطلاع قبلی در شب ۱۸ فروردین ۴۳ وارد قم شد و به تدریج مورد استقبال علما و مردم قرار گرفت. در همان روز، روزنامه اطلاعات در مقاله‌ای تحت عنوان انقلاب سفید شاه و امریکا» نوشت «چقدر جای خوشوقتی است که جامعه روحانیت نیز در واکنش اکنون باهمه مردم، همگام در اجرای برنامه‌های انقلاب شاه و مردم شده است». امام خمینی در واکنش به این اتهام در ۲۱ فروردین طی سخنانی مطالب روزنامه اطلاعات را به شدت تکذیب نمود و اظهار داشت:
«خمینی را اگر دار بزنند تفاهم نخواهد کرد. من از آن آخوندها نیستم که در اینجا بنشینم و تسبیح به دست بگیرم. من پاپ نیستم که فقط روزهای یک شنبه مراسمی انجام دهم و بقیه اوقات خود سلطانی باشم و به امور دیگر کاری نداشته باشم. پایگاه استقلال اسلامی اینجاست باید این مملکت را از این گرفتاریها نجات داد.